Martin mencatat waktu 1 menit 57,790 detik disusul Enea Bastianini dan Marc Marquez.
Jorge Martin mencatatkan waktu terbaik di awal sesi kualifikasi kedua. Pembalap Pramac Ducati itu mengalahkan catatan waktu Enea Bastianini dan Luca Marini.
Posisi pembalap dengan waktu tercepat masih menjadi milik Martin hingga sesi kualifikasi kedua dengan waktu delapan menit. Saat ini, Bagnaia telah terdorong ke posisi gungga dan akhirnya digantikan oleh Maverick Vinales dan Marco Bezzecchi.
Fabio Quartararo, rival utama Bagnaia dalam perburuan gelar juara dunia, kesulitan mencatatkan waktu tercepat. El Diablo berjuang untuk waktu yang baik dan finis di urutan ke-11.
Ambisi Bagnaia untuk mencatatkan waktu tercepat justru pupus saat sesi kualifikasi kedua kurang dari dua menit menjelang akhir. Ia terjatuh saat mencoba melahap tikungan empat Sirkuit Sepang.
Menjelang akhir kualifikasi kedua, Marquez mampu menanjak hingga posisi ketiga. Sementara itu, Martin mampu merebut pole position, disusul Bastianini dan Marquez.
Bagnaia dan Marquez berhasil lolos ke sesi kualifikasi kedua di MotoGP Malaysia. Ini setelah keduanya menjadi dua pembalap tercepat di Sirkuit Sepang.
Bagnaia berhasil menempati posisi pertama setelah mencatat waktu 1 menit 58.645 detik. Sementara itu, Marquez tertinggal 0.233 dari Bagnaia.
Hasil Kualifikasi MotoGP Malaysia
1. Jorge Martin 1 menit 57,790 detik
2. Enea Bastianini +0,456
3. Marc Marquez 0,664
4. Marco Bezzecchi +0,700
5. Alex Rins +0,785
6. Luca Marini +0,789
7. Franco Morbidelli +0,864
8. Maverick Vinales +0,976
9. Francesco Bagnaia +1,072
10. Aleix Espargaro +1,145